中國科學院南京地理與湖泊研究所，前身系1940年8月在重慶北碚成立的中國地理研究所，目前是全國唯一以湖泊-流域系統為主要研究對象的國立綜合研究機構。中國科學院院士黃秉維、任美鍔、周立三曾先后擔任過所長。
研究所以湖泊科學和流域地理學為特色學科，瞄準湖泊-流域學科國際前沿，針對我國湖泊-流域生態環境與可持續發展中的重大問題，圍繞湖泊生態系統演化、湖泊環境治理、流域地理與可持續發展等學科方向，聚焦湖泊-流域科學基礎理論、核心技術、系統治理和綜合管理等科學問題，開展自然和人文要素驅動下湖泊-流域系統格局、過程、機理與調控的基礎性、戰略性和前瞻性研究；發展湖泊科學和流域地理學新理論、新方法和新技術，引領湖泊-流域學科發展，顯著提升解決湖泊-流域生態環境及可持續發展綜合性、復雜性和系統性問題的能力，為我國湖泊資源合理利用、湖泊環境質量改善和生態系統服務功能提升、流域綜合管理和區域協調發展提供重要支撐；構建先進的湖泊-流域科技創新平臺，培養造就湖泊-流域科學領域高層次人才隊伍，成為國際一流的湖泊科學和流域地理學研究中心。
研究所面向學科前沿和國家需求，長期聚焦“湖泊-流域關鍵過程與多要素相互作用機理”，“湖泊-流域系統演變及對人類活動的響應與綜合管理”兩大基礎科學問題；圍繞湖泊生態系統演化、湖泊環境治理、流域地理與可持續發展三大學科領域，著力發展“湖泊沉積與環境演變、湖泊生物與生態、物理湖泊與水文、湖泊環境與工程、湖泊-流域過程與調控、流域資源與生態環境、區域人文經濟地理、遙感與地理信息科學”八個研究方向，滿足國家在“湖泊-流域環境治理與生態修復、區域可持續發展規劃與評估”兩個應用研究領域的重大需求，奠定研究所在國家科技創新體系中引領湖泊-流域科學創新發展的地位。
截至2020年6月，研究所共有在職職工258人，博士后22人；在職職工中科技人員192人，管理人員29人，科技支撐人員26人。研究員及正高級工程師52人、副研究員及高級工程師83人、萬人計劃創新領軍人才2人、國家杰出青年科學基金獲得者4人、國家優秀青年基金獲得者5人、江蘇省杰出青年基金項目獲得者4人。
